С этого момента таможня стала государственной службой, предназначенной для защиты экономических интересов страны. 25 октября 1991 года по Указу Президента России был образован Государственный таможенный комитет РФ. День таможенника Российской Федерации, отмечаемый ежегодно 25 октября, установлен Указом Президента Российской Федерации № 811 от 4 августа 1995 года «Об установлении Дня таможенника Российской Федерации».
Реализуется программа модернизации таможенных информационных систем. Осваиваются передовые технологии таможенного контроля и таможенного оформления. Все больше и больше таможенных постов переходят на электронную форму декларирования товаров и транспортных средств с применением электронных цифровых подписей. Совершенствуется работа правоохранительных подразделений таможенных органов.